Сантана присоединился к «жёлто-чёрным» в сезоне 2024 года и за это время стал двукратным чемпионом Казахстана. В победном матче против «Актобе» за Суперкубок Казахстана-2025 бразилец отметился голом и результативной передачей, был признан лучшим игроком встречи. Однако уже в следующем матче форвард получил тяжёлую травму, из-за которой выбыл до конца сезона.

Всего в составе «Кайрата» Элдер Сантана провёл 31 матч, забил 5 мячей и отдал 3 голевые передачи.