В качестве игрока Ерлан Шойтымов в 1999 году стал обладателем Кубка Казахстана в составе кызылординского «Кайсара». За этот клуб он провел 101 матч и забил 4 мяча. Также выступал за «Актобе», в составе которого сыграл 82 матча и отметился 4 голами.

После завершения игровой карьеры Ерлан Шойтымов перешел на тренерскую работу, пройдя путь от ассистента до главного тренера. Казахстанский специалист известен по работе в клубах «Жетысай», «Байконур», «Яссы» и «Кайсар». До назначения в «Иртыш» Шойтымов возглавлял актауский «Каспий».