Енсебаев является воспитанником алматинского «Жас-Кырана». В июле 2024 года он перебрался в Испанию, где стал игроком «Вальядолида B», однако не провёл за команду ни одного официального матча. Летом прошлого года полузащитник вернулся в Казахстан и выступал за «Иртыш», где находился до 12 января.

За свою профессиональную карьеру Мохаммед Енсебаев провёл 25 матчей, забил два мяча и отдал три результативные передачи.

Последний раз он вызывался в сборную Казахстана U-21 осенью 2024 года, приняв участие в матче квалификации чемпионата Европы U-21 против сборной Шотландии.