Свою карьеру Серикжан Мужиков в 2007 году начал в фарм-клубе талдыкорганского клуба – «Жетысу-2». С 2008 по 2013 годы, 2024 год, и с нынешнего года на сегодняшний день сыграл за «Жетысу» в Премьер-лиге 172 матча, забил 19 мячей. Является вторым рекордсменом семиреченского клуба. Также выступал за «Кайсар» (17 матчей), «Астану» (121 матч, 16 мячей), «Тобол» (71 матч, 9 мячей), «Елимай» (12 матчей) и «Окжетпес» (7 матчей, 1 мяч).

Всего в Премьер-лиге сыграл 400 матчей, забил 45 мячей.

Серикжан Мужиков стал 13-м футболистом в истории Премьер-лиги, сыгравшим 400 и более матчей.