Специалист начал свою карьеру главного тренера в футбольном клубе «Мактаарал» и продолжил в «Окжетпесе». Также Ферапонтов работал в тренерских штабах «Актобе», «Ордабасы», «Кайрата» и белорусского «Руха».

У тренера есть и достаточный опыт работы на уровне сборных. В настоящее время Андрей Ферапонтов является старшим тренером молодежной сборной Казахстана U-21.