Воспитанник карагандинского футбола Роман Муртазаев начал свою карьеру в 2013 году в составе «Шахтера». В составе «горняков» сыграл 106 матчей, забил 17 мячей.

В 2016 году за павлодарский «Иртыш» сыграл 32 матча, забил 18 мячей. В 2017-2019 и 2021 годах в составе «Астаны» провел 110 матчей, забил 25 мячей. В 2020 году в составе «Тобола» сыграл 17 матчей, забил 2 мяча. С 2024 года выступает за «Елимай», и на сегодняшний день в её составе провел 35 матчей, забил 7 мячей. Также в его карьере была калининградская «Балтика».

Всего в Премьер-лиге Казахстана сыграл 300 матчей, забил 69 мячей.